En 1981, Bernard Dautant, alors animateur au Centre social du quartier Charpennes Tonkin à Villeurbanne, propose de créer une radio libre de quartier afin de former des acteurs sociaux à la pratique de la radio et de faire passer des informations dans différents domaines à un public plus large que celui fréquentant le centre et même de fédérer le quartier autour de ce porte voix qui deviendrait le symbole de son identité. Une vintaine d'associations le suit mais les soutiens du côté de la Mairie et de la CAF sont plus mitigés. En effet, Charles Hernu, maire de la commune est aussi ministre de la Défense.

Le 10 mai 1982, avec le soutien des associations locales, l'association RCT (Radio Charpennes Tonkin) voit le jour. Dans l'esprit des radios libres du début des années 1980, elle met en place un projet autour de l'éclectisme musical et de l'information locale tout en favorisant la participation des associations, les actions pédagogiques et la création sonore.

La radio débute plus au moins de façon pirate avec une batterie de voiture pour alimenter une antenne cachée sur les toits d'immeuble. Puis, elle obtient une première fréquence qu'elle partage avec Radio Brume. Elle reçoit aussi le soutien logistique de Radio Léon et l'association ALTT lui prête des locaux. La radio compte alors 50 bénévoles, un objecteur de conscience et un salarié, Bernard Dautant, détaché du Centre social.

En 1985, tout en conservant son essence associative, la radio travaille sur un projet plus ambitieux et professionnel. En parallèle, elle développe ses créations sonores comme des contes et chansons pour enfants qui lui valent un prix au Marché international de programmes de Cannes, met en place des formations en partenariat avec France Culture, RMC et le Ministère la Jeunesse et des Sports.

Le 28 novembre 1986, les locaux de la radio sont finalement inaugurés par Charles Hernu, Ministre-Maire dont la compagne habite l'appartement situé juste au dessus de RCT.

Vers 1987, le slogan de RCT devient "la radio en liberté".

A la fin des années 1980, RCT est véritablement au cœur de la vie locale. Si elle est déjà devenue l'un des principaux lieux d'expression de la communauté noire lyonnaise, elle se fait aussi la voix des cultures qui émergent dans l'agglomération (hip-hop, techno…). Elle fait vivre tous les événements locaux qu'ils soient sportifs ou culturels tout en donnant la parole à tous, des élus locaux aux exclus sociaux.

Elle est aussi l'une des premières radios à s'équiper d'outils informatiques pour gérer son antenne. Un ingénieur conçoit le "Mac Broadcast", un ordinateur couplé à un juke box permettant de travailler avec 400 CD. Une opportunité technique bien plus large que les deux lecteurs cassettes Revox. Même malgré les pannes régulières... Cela offrait aussi la possibilité d'enregistrer des magazines et de proposer des rediffusions.

En 1989, aidée par ses outils informatiques, RCT s'illustre dans le domaine de la production. D'une part, elle crée Klacson, un label de production, et d'autre part, elle publie deux nouvelles séries de contes pour enfants. La formation dispensée par la station bénéficie au niveau général de la grille des programmes.

En 1989, avec d'autres radios de la région, RCT participe à la création d'une radio à Timisoara dans une Roumanie libérée de la tyrannie. La "radio en liberté" considère cette action de solidarité et de défense des droits de l'Homme comme l'un des gênes composant son ADN.

En 1989, RCT rejoint l'EPRA, une banque de programmes alimentée par RFI, une centaine de radios associatives et l'Institut du Monde arabe. Cet organisme souhaite favoriser l'intégration des populations immigrées. Cette implication va lui permettre d'acquérir une grande expérience en matière de métissage des cultures au plan local.

Au début des années 1990, RCT multiplie aussi les émissions en extérieur. "RCT est un creuset culturel expérimental et une parole forte dans une cité en mouvement".

En 1992, la radio fête ses 10 ans en organisant des concerts, des animations évènementielles et une réception. Cet anniversaire est salué par de nombreuses personnalités qui soulignent la professionnalisation de la radio mais aussi sa dimension "d'école de la radio".

Au milieu des années 1990, RCT compte 70 animateurs bénévoles, 30 stagiaires par an et cinq salariés en emploi aidé. Dans le même temps, afin de faciliter le développement de la station parmi la quizaines d'autres radios associatives, le sigle RCT devient Radio Couleur Tempo. Mais le nouveau nom a du mal à être intégré par le public...

En 1995, la création sonore s'amplifie avec la production d'œuvres et de feuilletons radiophoniques. Ainsi, neuf pièces sont produites avec des scénarii originaux, des comédies embauchés pour l'occasion et un habillage sonore maison (bruitages et musiques), le tout enregistré en numérique. Ces œuvres sont ensuite largement diffusées sur diverses radios en France.

En 1997, RCT s'investit un peu plus dans la musique. Non seulement, elle ouvre son antenne quotidiennement aux musiciens de la région Rhône-Alpes mais en plus elle se lance dans la co-production musicale. En 1999, elle co-produira un CD sur les musiques issues de l'immigration en Rhône-Alpes.

A la fin des années 1990, la grille des programmes comprend une matinale, un programme musical éclectique (qui rappelle celui de la défute FIP Lyon mais ne plus jeune) et des points d'information toutes les 20 minutes. Les bénévoles animent la grille le soir à partir de 19h00.

Au début des années 2000, RCT reste éditorialement très ancrée dans la proximité (concerts depuis un restaurant, retransmissions sportives, antenne ouverte aux associations, aux élus et aux marginaux sociaux). Elle reste un creuset culturel et une école de la radio. Cela ne l'empêche pas d'être une radio moderne (elle lance très vite son site Internet) tout en restant solidaire et ouverte sur le monde. Et le mélange de tout cela fait que la radio décide de faire évoluer son format vers le musique du monde. D'ailleurs, son slogan devient " RCT, la musique de tous les mondes."

En 2011, la station devient Radio CapSao. L'abandon de la référence à son nom d'origine doit permettre d'affirmer son positionnement sur les musiques latines. Parallèlement, elle rejoint le groupement publicitaire Nova ans friends tout comme RTU, radio associative lyonnaise, dont elle partage les locaux.

Le 19 juin 2012, le CSA retient la radio pour une diffusion numérique locale en DAB+ à Paris.

En janvier 2014, la radio repositionne ses programmes autours de l'évasion, de la bonne humeur et du partage.

En juin 2014, souhaitant muscler un peu sa grille avec l'arrivée de ses programmes sur le DAB+ à Paris, Radio CapSao cherche à recruter de nouveaux animateurs pour sa matinale. Elle lance alors un grand casting à Lyon et Paris avec 15 minutes laissés à chaque candidat pour convaincre le jury selon les modalités de son choix.

Le 20 juin 2014, Radio CapSao débute ses programmes sur le DAB+ à Paris. Elle propose un décrochage spécifique à la Capitale mais celui-ci sera supprimé après quelques mois au profit d'un flux musical pendant les programmes locaux destinés aux lyonnais.

En juillet 2014, l'enquête d'audience Médialocales de Médiamétrie crédite Radio CapSao de 20 700 auditeurs quotidiens à Lyon, un record historique obtenu grâce aux nombreuses opérations de communication et à "l'implication des salariés et bénévoles de la station".

En 2015, la société par actions simplifiée Native est créée poru faciliter le développement de la radio.

Le 7 juin 2016, le CSA retient la radio pour une diffusion numérique locale en DAB+ en Rhône-Alpes (Bourg-en-Bresse, Lyon), dans les Hauts-de-France (Calais-Boulogne, Douai-Lens, Dunkerque, Lille, Valenciennes) et  Strasbourg.

En septembre 2016, Radio CapSao organise "le Village CapSao", un festival de 3 jours sous le signe de la danse, de la culture et de la musique.

A la rentrée 2017, Radio CapSao enrichit son antenne avec la présence continue d'animateurs de 6h00 à 19h00 et une équipe de DJ agrandie. Côté musique, la radio propose en moyenne cinq à dix nouveautés par semaine (dont de nombreux titres lusophones et hispanophones diffusés pour la première fois en France) au cœur d'une playlist composée de plus de 1 000 titres en rotation.

Le 24 janvier 2018, le CSA retient la radio pour une diffusion numérique locale à La Roche-sur-Yon, Le Havre, Nantes, Rouen et Saint-Nazaire.

Le 18 juin 2018, Radio CapSao débute ses programmes sur le DAB+ dans les Hauts-de-France.

Le 5 décembre 2018, Radio CapSao débute ses programmes sur le DAB+ à Strasbourg et en Rhone-Alpes dont Lyon.

En 2019, Radio CapSao fait l'acquisition de la radio commerciale Hit Radio diffusée en FM à Lisbonne (Portugal). Validé par l'ERC (l'équivalant portugais du CSA), Hit Radio devenue Radio CapSao est la première radio latino du pays avec un bassin de 3 millions d'auditeurs potentiels sur le Grand Lisbonne. Les nouveaux programmes sont lancés en juillet 2019.

Le 6 mars 2019, le CSA retient la radio pour une diffusion numérique locale en DAB+ sur les zones d'Annemasse, Arcachon, Besançon, Bordeaux, Chambéry, La Rochelle, Pau, Poitiers et Saint-Etienne ainsi que pour une diffusion étendue en DAB+ à Grenoble.

Le 19 juin 2018, le DAB+ démarre dans les Hauts-de-France.

Le 24 juillet 2019, le CSA retient la radio pour une diffusion numérique locale en DAB+ sur les zones de Nice et Paris et une diffusion numérique intermédiaire à Marseille.

Début 2023, CapSao diffuse ses programmes en FM sur trois villes et en DAB+ sur 38 villes.

Le 15 avril 2023, Radio CapSao informe l'ARCOM qu'elle renonce à exploiter les fréquences numériques qui lui ont été attribuées à La Roche-sur-Yon, Troyes, Arcachon. La Haute autorité abrogera les autorisations d'émettre correspondantes le 7 juin 2023.