Le 2 octobre 1985, six stations locales NRJ (Montpellier, Bordeaux, Carcassonne, Toulouse, Nancy et Grenoble) et une station locale Chic FM (Nice) font sécession pour former un nouveau réseau baptisé Fun. Ce putsch au sein même de NRJ est l'œuvre d'Éric Péchadre, Pierre Lattès (deux membres de la direction nationale d'NRJ) et Jean-Baptiste Blanchemain (directeur de NRJ Montpellier). Comprenant qu'ils peuvent créer leur propre affaire, ils ont préparé ce revirement soudain dans le plus strict secret : même les animateurs des stations ne l'apprennent que le jour même. La diffusion satellite étant inexistante à l'époque, toutes les radios font leur propre programme cependant dicté par Pierre Lattès depuis Paris.

Bien développé dans le sud, Fun connaît cependant rapidement des difficultés financières.

En septembre 1987, elle est rachetée  par le groupe Hersant alors propriétaire du réseau Chic FM.

Début septembre 1987, les deux réseaux fusionnent  sous l'appellation Fun Radio. Chic FM, à peine ré-autorisée à Paris, diffuse immédiatement Fun Radio.

En 1988, 97 stations sont affiliées ou franchisées Fun Radio. Il n'y a pas alors de véritable concept à part être la copie conforme de NRJ, sa concurrente d'origine. L'audience reste faible et les comptes sont dans le rouge.

En octobre 1989, l'arrivée de Benoît Sillard à la direction  (et le départ des trois fondateurs) révolutionne la station : ayant le choix entre liquider la station, la revendre (NRJ est candidate) ou la relancer, il choisit la dernière solution avec tout de même un sévère plan social. Il donne pour la première fois un véritable concept à la station.

Benoît Sillard développe même Fun Radio à l'internationale avec l'ouverture de Fun Radio Roumanie (1), Fun Radio Pologne et Fun Radio Slovaquie. Ces trois stations seront les premières radios libres dans chacun de leur pays.

En 1989, Fun Radio se décline en Belgique avec un programme reprenant largement les principales émissions françaises.

En 1991, Fun Radio débauche Arthur (alors inconnu) de Skyrock et le charge de relancer ses matinales avec une émission très provocatrice. L'audience décolle, on ne parle que d'Arthur dans les cours des collèges et lycées. Fun Radio atteint les 5% d'audience cumulée, un score historique. Mais Arthur, devenu célèbre part un an plus tard pour rejoindre les après-midi d'Europe 1.

En septembre 1992, c'est le lancement de "Lovin'Fun" (d'après le concept "Love Line" importé des Etats-Unis). La libre antenne sulfureuse animée par Difool et Doc (l'ami et pédiatre de famille de Benoît Sillard) fait encore accroître la popularité et l'audience de la station. Fun Radio est la radio la plus écoutée après 20h00.

En 1993, le groupe Hersant souhaite cependant se séparer progressivement de la station, la CLT (groupe de RTL) entre alors dans le capital à hauteur de 30.43 % (Hersant garde 59,07 % et Métropole TV 10,5 %).

La même année, la libre antenne devenue la marque de fabrique de la station se décline tout au long de la journée. Côté musique, le rock prend le dessus. Entre libres antennes osées et musique rock, la radio donne une image rebelle et attire un public très jeune (majorité de 15-20 ans). Elle engrange enfin des bénéfices notamment après l'affaire "Lovin'Fun". En effet, l'émission menacée de censure par le CSA, est défendue par ses auditeurs et obtient gain de cause. La radio, qui a fait la une des quotidiens et a reçu le soutien de ministres, a ainsi bénéficié d'un véritable coup de pub qui lui fait dépasser les 9% d'audience en quelques mois.

Mais le format musical finit par s'essouffler, Benoît Sillard a beau élargir la couleur musicale avec "le meilleur mix" et réduire la libre antenne, l'audience baisse et l'auditoire reste désespérément trop jeune pour intéresser les annonceurs. La réaction de la direction est sans doute tardive et nombre de réformes sont mal interprétées par les auditeurs. Certaines font aussi partir des poids lourds de la station comme Bill et Difool.

En 1996, le président ne prend pas la bonne option en voulant créer tout un système Fun très coûteux : Fun TV (Fun Radio filmé) ou encore des cafés Fun qui n'auront pas le temps de voir le jour.

En 1997, Fun étant de nouveau dans le rouge, Benoît Sillard est remercié par la CLT et laisse sa place à Axel Duroux, PDG talentueux de RTL 2. Celui-ci recrute Sam Z (star d'NRJ) en tant que directeur des programmes. La libre antenne est réduite à son minimum (c'est la fin de "Lovin'Fun") et la programmation musicale est réétudiée : au bout d'un an, le format groove-dance est choisi. L'audience finit par se stabiliser. Axel Duroux part de Fun Radio en laissant une radio en forme et gardant malgré tout son esprit d'origine. Certains regrettent cependant beaucoup la période "rebelle et grunge" de Fun Radio.

En 2002, Fun Radio adopte le slogan "Du Hit et du Fun" en signe d'élargissement de la programmation musicale. Mais début 2004, une importante baisse dans les sondages la fait revenir à un format dance et RNB.

En 2004, la station se retrouve à la une de l'actualité média avec la révolte d'Arthur qui refuse l'arrivée de Cauet aux commandes de la matinale. Il entre alors en résistance en direct à l'antenne jusqu'à son licenciement.

En 2005, Fun Radio surfe sur la mode des lecteurs Mp3 en lançant une webradio baptisée FunMP3. Elle s'ouvre largement sur les nouveaux talents avec un programme hebdomadaire de deux heures diffusé en boucle et permet le téléchargement des titres diffusés. Le programme cessera rapidement d'être diffusé. La même année, la radio adopte un son "Soul & Dance".

En 2007, Fun Radio prend une nouvelle orientation musicale avec "le son dancefloor".

Fin octobre 2008, Fun radio obtient de nouvelles fréquences dans l'ouest et le nord accroissant d'un seul coup de 1,5 millions d'auditeurs sa couverture soit la plus grande vague de déploiement depuis longtemps pour la radio.

Le 4 décembre 2008, Fun Radio ouvre quatre nouvelles fréquences en Normandie sur un bassin stratégique puisque la Haute-Normandie est la région la plus jeune de France (un tiers de sa population à moins de 25 ans) et que Rouen est le premier pôle étudiant de l'ouest parisien.

Le 26 mai 2009, le CSA retient la radio pour une fréquence numérique sur Marseille, Nice et Paris.

Fin 2011, Fun Radio s'implante à La Réunion avec 12 fréquences.

En 2012, Fun Radio arrive aux Antilles en passant des accords avec des radios locales : Radio Liberté à la Martinique et Fréquence Alizées Europe 3 en Guadeloupe.