Entre le 30 septembre et le 15 octobre 1998, Radio Junior devait officiellement être lancée dans l'offre radios de TPS, bouquet numérique par satellite, et dans les hôpitaux pour enfants. Mais des problèmes techniques repoussent ce démarrage. La radio souhaite reprendre un créneau laissé libre depuis la disparition de Superloustic en 1991. Elle est parrainée par le chanteur Richard Gotainer et se targue du soutien de nombreuses personnalités comme les animateurs Laurent Boyer et Guy Lux, le chanteur Yves Duteil ou le Président de la République Jacques Chirac. Elle espère obtenir du CSA une fréquence sur Paris. Elle est installée à Champigny (Val-de-Marne) et est gérée par l'association Junior.

Le 20 novembre 1998, à l'occasion de la journée mondiale des droits de l'enfant, Radio Junior débute officiellement ses programmes. La radio entend répondre aussi bien aux moins de 15 ans qu'à leurs parents. Elle veut proposer de nombreuses rubriques (multimédia, sports, loisirs, livres, explication de l'actualité, ...) et des conseils pratiques pour les parents. La radio débute ses programmes avec un fil musical et quelques rubriques en attendant l'arrivée à l'antenne d'animateurs. La radio est diffusée via son site Internet, sur TPS et ses programmes sont repris par une vingtaine de radios locales. Radio Junior est la seule radio en Europe destinée au moins de 15 ans.

En 2000, la station est conventionnée pour une diffusion sur les réseaux câblées et postule à l’appel à candidatures lancé par le CSA sur Paris et l’Ile-de-France.

En avril 2002, Radio Junior se porte candidate pour l'attribution d'une fréquence AM sur l'Ile-de-France.

En juillet 2002, la candidature de Radio Junior pour une fréquence FM sur Paris est écartée par le CSA. La haute autorité  estime "qu'on ne peut pas attribuer une fréquence à une radio pour enfants sur Paris puisque Fréquence Paris Plurielle et Radio Libertaire font déjà chacune une émission pour les enfants". La radio conteste cette explication répondant que deux radios jazz existent sur la bande FM parisienne.

En février 2005, le Conseil d'Etat annule la décision du CSA rejetant la candidature de Radio Junior lors de l'appel à candidatures sur la région parisienne. Pour la haute juridiction, la décision du CAS est fondée "sur des motifs matériellement inexacts". Le Conseil d'Etat annule la décision du CSA du 22 octobre 2002 "en tant qu'elle rejette la candidature de l'association Radio Junior pour l'exploitation d'un service de radiodiffusion sonore dans la zone de Paris". Cette décision remet donc en cause les autorisations délivrées par le CSA aux stations Ado FM, Générations Paris Jazz, TSF et France Maghreb. Tout en rejettent la demande d'attribution une fréquence à Radio Junior à Paris, le Conseil d'Etat a demandé le réexamen de la candidature de Radio Junior.

En 2005, Radio Junior participe à des essais de diffusion en DAB.

Le 19 juin 2012, le CSA publie la liste des radios dont le dossier est recevable pour une diffusion numérique sur les zones de Marseille, Nice et Paris. Radio Junior fait partie des élues.