Le 1er avril 1982, le père Emmanuel Payen s’installe dans les greniers de la Basilique de Fourvière pour créer une radio chrétienne. Avec les conseils de Pierre Alberti, créateur de Radio Contact et futur fondateur de Nostalgie, et avec l’accord du Cardinal Albert Decourtray, Archevêque de Lyon, il donne naissance à Radio Fourvière.

En 1986, à l’occasion de la venue du Pape Jean-Paul II à Lyon, Radio Fourvière bénéficie de l'émetteur prévu pour Radio France Lyon pour diffuser les temps forts de la visite du Pape. Onze radios diocésaines de la région se regroupent alors au sein de l’association Fourvière Région donnant ainsi naissance au réseau Fourvière FM.

En 2003, RCF Liège rejoint le réseau après RCF Bruxelles. Avec l'arrivée des membres belges, "F" de "françaises" devient "F" comme "francophones".

En 2007, le réseau se compose de 55 radios réparties à travers toute la France métropolitaine et la Belgique francophone. Seule la région parisienne n'est pas couverte par RCF du fait de l'existence de Radio Notre-Dame. Selon les dernières enquêtes, la moitié des auditeurs du réseau a moins de 50 ans et 39% sont non pratiquants.

Le 26 mai 2009, RCF Nice Côte-d'Azur est la première station du réseau sélectionnée par le CSA pour une diffusion en numérique (sur Nice).

Le 18 avril 2011, le CSA autorise seize stations à émettre en numérique sur Lyon pendant neuf mois (durée initiale). Parmi elles, RCF.

En juin 2014, RCF Nice Côte d'Azur débute ses programmes sur la RNT à Nice.

Aujourd'hui, RCF compte dans son réseau 63 radios en France et 4 en Belgique.